Program Merdeka Belajar – Kampus Merdeka (MBKM) resmi diluncurkan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan pada awal tahun 2020 melalui beberapa peraturan. Program MBKM diharapkan dapat menjawab tantangan Perguruan Tinggi untuk menghasilkan lulusan yang sesuai perkembangan zaman, kemajuan IPTEK, tuntutan dunia usaha dan dunia industri, maupun dinamika masyarakat. Program MBKM yang diluncurkan oleh Kementerian terdiri 8 (delapan) program yang kesemuanya memberikan hak kepada mahasiswa untuk belajar di luar program studi maksimum 3 (tiga) semester setara maksimum 60 sks.

Universitas Stekom dengan cepat merespon kebijakan yang diluncurkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan tersebut. Pada Semester Ganjil TA. 2020-2021 telah menjalankan program Lintas Prodi (Cross Enrolment) dimana dapat mengambil mata kuliah di luar program studinya di lingkungan Universitas Stekom. Program ini direspon dengan baik oleh baik. 

Untuk lebih teratur pelaksanaan program MBKM ini, maka Rektor, Dr. Joseph Teguh Santoso,  S.Kom, M. Kom, kemudian membentuk beberapa tim penyusun pedoman pelaksanaan dari 8 (delapan) program tersebut di Universitas Stekom pada semester ganjil tersebut. Setelah pedoman-pedoman tersebut selesai dan di-SK-kan oleh Rektor Universitas Stekom, maka pada akhir semester ganjil itu juga dibentuk satu unit yang mengelola secara khusus program MBKM di Universtas agar sistematis dan terpusat secara administrasinya. Pada tanggal 2 Desember 2020 ditetapkan  dimulainya Program Merdeka Belajar – Kampus Merdeka (UPT MBKM) melalui SK Rektor Nomor: 012/061058/SK/R-JTS/K/2020.

Saat ini, MBKM Universitas Stekom mengelola 10 (sepuluh) kegiatan MBKM yaitu Lintas Prodi, Pertukaran Mahasiswa, Magang Bersertifikat, Asistensi Mengajar, Asistensi Riset/Penelitian, Kegiatan Wirausaha, Studi/Proyek Independen, Membangun Desa, Proyek Kemanusiaan dan Penanggulangan Bencana. 10 (sepuluh) kegiatan MBKM tersebut dikelola secara teknis oleh 9 (sembilan) Divisi yang masing-masingnya ada Ketua Divisi nya.